Le département est créé à la Révolution française, le 4 mars 1790, en application de la loi du 22 décembre 1789, à partir de la province du Roussillon et d'une petite partie du Languedoc appelée Fenouillèdes.
Deux dates permettent de mieux comprendre l'histoire de ce département :
Catalogne (1812-1814).
Département des Pyrénées-Orientales1258 : le traité de Corbeil fixe la frontière entre les royaumes de France et d'Aragon, aux Corbières, les Fenouillèdes sortent de la zone d'influence du roi d'Aragon alors que le Roussillon s'y maintient comme toute la Catalogne. Les habitants de l'actuel département appartiennent à deux pays différents et parlent deux langues proches, le catalan en Roussillon, Conflent, Vallespir et Cerdagne et l'occitan aux Fenouillèdes.
1659 : la province du Roussillon et une partie de la Cerdagne sont cédées par l'Espagne à la couronne de France au traité des Pyrénées, à l'exception de l'enclave de Llívia. La frontière politique de 1258 devient alors une limite entre deux provinces du royaume de France.
Malgré la création du département en 1790, les différences se sont maintenues entre les deux entités. Les Catalans utilisent le terme péjoratif de gavatxos pour désigner les habitants des Fenouillèdes et de l'Aude. En fait, ce terme est toujours très répandu en Espagne sous les formes gavatx (en catalan) et gabacho (en castillan). "Gavatx" pourrait être assimilé au mot Boche en français. Mais il désigne les Français. Il est encore vivace car la dernière invasion de l'Espagne date des guerres napoléoniennes. En Catalogne Nord, ce terme a perdu sa connotation agressive et est devenu moqueur, il est plus assimilable au "franchouillard" usité par les Français, ou au mot Teuton que ceux-ci emploient pour désigner les Allemands.
La couronne espagnole, désireuse de retrouver son ancienne possession, envahit avec ses troupes le département en avril 1793, mais la France le récupéra treize mois plus tard, avec la guerre du Roussillon.
La royauté avait arraché le Roussillon et la Cerdagne du reste de la Catalogne et les avait isolés dans un statut de pays dit étranger. Au XIXe siècle, les Pyrénées-Orientales furent l'un des départements les plus républicains de France. François Arago, homme politique et savant